Bei der transösophagealen Echokardiographie wird ein Ultraschallkopf wie bei einer Magenspiegelung an einer langen Sonde in die Speiseröhre eingeführt. Dadurch können bestimmte Anteile des Herzens besser eingesehen werden als bei der transthorakalen Echokardiographie. Sie dient insbesondere der Suche nach Blutgerinnseln in den Vorhöfen, z.B. in der Ursachenforschung nach Schlaganfällen, bei akuten peripheren Gefäßverschlüssen oder vor einer elektrischen Kardioversion z.B. bei Vorhofflimmern. Mit der TEE lassen sich auch Erkrankungen der Herzklappen und der Hauptschlagader (Aorta) genauer beurteilen. Die Untersuchung wird nüchtern und nach einer Rachenbetäubung durchgeführt.